Справившись с Боузером и защитив Бруклин, Марио вновь оказывается перед серьёзной угрозой. На этот раз против него объединились коварная банда Варио и полный решимости Боузер-младший. Их цель проста и пугающа — ни больше, ни меньше, чем подчинить себе весь мир. Марио не одинок в этой борьбе: верные друзья готовы поддержать его, а рядом всегда будет неутомимый Йоши. Вместе им предстоит найти способ разрушить зловещие замыслы врагов и не дать им установить свой контроль над каждой землёй и королевством.