В конце войны летчик Коити Сикисима совершил вынужденную посадку на острове Одо. Там находилась секретная ремонтная мастерская японской армии. Сразу после заката на базу обрушился гигантский ящер — местные жители прозвали его Годзиллой.
Коити приезжает в Токио, лежащий в руинах после налетов. Его родители погибли, от родного дома не осталось ничего. Он пытается начать все заново. Рядом оказывается девушка, тоже оставшаяся одна. С ней — ребенок, которого она вынесла из-под бомбежки. Постепенно жизнь налаживается. Коити вступает в команду, занимающуюся разминированием фарватеров в заливе. Их небольшое деревянное судно однажды встречает в водах Годзиллу. После испытаний у атолла Бикини чудовище выросло и стало куда опаснее.